全新GS FLX+系統(tǒng)測序儀

羅氏旗下454生命科學(xué)近日宣布推出了全新的GS FLX+系統(tǒng)，該儀器能夠產(chǎn)生高達(dá)1,000 bp的測序讀長，趕超了傳統(tǒng)的毛細(xì)管電泳測序法。讀長的改善也使得通量提升了近50%，達(dá)到1 Gb，從而降低了大型測序項目的測序成本。這種新的性能水平代表了生命科學(xué)行業(yè)的一個里程碑，讓高通量測序技術(shù)**帶來了與Sanger法相當(dāng)?shù)臏?zhǔn)確性和讀長。

早期試用項目顯示了長讀長對于多個應(yīng)用的重要性，這些應(yīng)用包括整個基因組的de novo測序和拼接，**的轉(zhuǎn)錄組圖譜分析、環(huán)境樣品的宏基因組鑒定等等。在分辨復(fù)雜基因組的高度重復(fù)區(qū)域時，這種長且準(zhǔn)確的讀長特別有用，可顯著改善拼接。來自早期用戶的熱情反饋也體現(xiàn)了長讀長對于基因組分析和探索的價值。

賓夕法尼亞州立大學(xué)的研究人員已經(jīng)利用這種超長讀長GS FLX+系統(tǒng)的長讀取、GS FLX Titanium的末端配對讀取以及短讀取的數(shù)據(jù)組合，對兩只袋獾的基因組進(jìn)行了測序和拼接，來鑒定瀕臨滅絕的袋獾的遺傳多樣性，該研究成果發(fā)表在近期的《PNAS》雜志上。袋獾，亦被稱作塔斯馬尼亞惡魔，是一種有袋類的食肉動物，現(xiàn)今只分布于澳大利亞的塔斯馬尼亞州。自1999年起，袋獾面部腫瘤病(Devil Facial Tumour Disease，簡稱DFTD)估計已使袋獾的數(shù)量下降20%至50%。在這項研究兩只袋獾中，一只擁有對一些DFTD菌株的天然抗性，而另一只則在野外患上了這種**。

賓夕法尼亞州立大學(xué)生物化學(xué)和分子生物學(xué)教授Stephan Schuster為此次文章的通訊作者，他認(rèn)為，對于如此獨(dú)特的物種，GS FLX+ 系統(tǒng)長且準(zhǔn)確的讀長對跨越重復(fù)元件和**準(zhǔn)確的基因組拼接很關(guān)鍵。研究人員還使用比較基因組方法開發(fā)了一個理論模型，來預(yù)測哪些袋獾需要圈養(yǎng)，以大限度地保留物種的遺傳多樣性。這種方法可推廣到其他瀕危物種。

GS FLX+系統(tǒng)可作為一臺新儀器購買，也可在現(xiàn)有GS FLX系統(tǒng)上現(xiàn)場升級。該系統(tǒng)還特有一個重新設(shè)計的試劑室，能容納GS FLX Titanium Sequencing Kit XL+的更大試劑體積。測序流動循環(huán)數(shù)的增加，再加上試劑和軟件的優(yōu)化，使得讀長增加到1,000 bp。該儀器也能向后兼容現(xiàn)有的GS FLX Titanium Sequencing Kit XLR70。454生命科學(xué)的總裁兼CEO Christopher McLeod表示：“我們的團(tuán)隊全力以赴推動系統(tǒng)性能，并實(shí)現(xiàn)了類似Sanger的讀長和準(zhǔn)確性。我們早期用戶以及生命科學(xué)界的反應(yīng)都是非常積極的。我們希望將這項升級推廣到全世界的用戶，并繼續(xù)向人們展示長讀長測序的價值。”

454全新的GS FLX+系統(tǒng)為廣大用戶提供了強(qiáng)大的測序方法，同時降低了測序成本，為目前遺傳分析和功能基因組等熱門研究領(lǐng)域的部分熱門課題提供了有效的分析工具。