為了確定探針(exiqon探針)是否與相應(yīng)的基因組DNA雜交，有必要對探針加以標(biāo)記，以便在結(jié)合部位獲得可識別的信號,通常采用放射性同位素32P標(biāo)記探針的某種核苷酸α磷酸基。但近年來已發(fā)展了一些用非同位素如生物素-親合素系統(tǒng)、地高辛配體等作為標(biāo)記物的方法。非同位素標(biāo)記的優(yōu)點(diǎn)是保存時間較長,而且避免了同位素的污染。常用的探針標(biāo)記法是缺口平移法(nick translation)。首先用適當(dāng)濃度的DNA酶Ⅰ（DNAseⅠ）在探針DNA雙鏈上造成缺口，然后再借助于DNA聚合酶Ⅰ（DNa poly merasⅠ）的5’→3’的外切酶活性，切去帶有5’磷酸的核苷酸；同時又利用該酶的5’→3’聚酶活性，使32P標(biāo)記的互補(bǔ)核苷酸補(bǔ)入缺口，DNA聚合酶Ⅰ的這兩種活性的交替作用，使缺口不斷向3’的方向移動，同時DNA鏈上的核苷酸不斷為32P標(biāo)記的核苷酸所取代。
探針(exiqon探針)的標(biāo)記也可以采用隨機(jī)引物法，即向變性的探針溶液加入6個核苷酸的隨機(jī)DNA小片段，作為引物，當(dāng)后者與單鏈DNA互補(bǔ)結(jié)合后，按堿基互補(bǔ)原則不斷在其3’OH端添加同位素標(biāo)記的單核苷酸，這樣也可以獲得比放射性很高的DNA探針。
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